Você pode remover diretórios ocultos (com . no início do nome) como diretórios normais:
rm -rf .directory_name
( r para recursivo, f para força).
Para exibir diretórios ocultos, use a opção -a para ls :
ls -a
Você também pode usar mc ou algum outro gerenciador de arquivos para removê-los. A maioria deles terá a opção de exibir diretórios ocultos no menu Exibir ou nas configurações. Em mc , os diretórios ocultos são exibidos por padrão.