Que tal:
sort -nt'(' -k2 file.txt
Teste:
$ sort -nt'(' -k2 file.txt
fn=(916) __universe_MOD_general_main
fn=(1368) __universe_MOD_general_boot
cfn=(1370) __lib_file_MOD_file_open
fn=(6142) __grid_var_MOD_get_overlap
-
-n
indica que estamos classificando numericamente -
t'('
define o delimitador como(
-
-k2
define a chave parasort
como o segundo campo, ou seja, a partir dos dígitos até o final da linha.