Eu tive problemas semelhantes com uma configuração de 3 monitores (2 GPUs NVidia) usando 10.04 (x64) e consegui contornar o problema conectando fisicamente meus monitores em uma ordem diferente dos cartões. Mesmo que a ferramenta nvidia-settings me permitisse mudar a ordem dos displays, eu teria problemas estranhos se eu alterasse a ordem padrão que aparece inicialmente.
Espero que isso ajude