Algo parecido com isto:
sed 's/<\/VirtualHost>/yourlinehere\n<\/VirtualHost>/'
funciona. Se você quiser repetir este comando em muitos arquivos, você pode fazer algo como:
for i in *; do sed -i 's/<\/VirtualHost>/yourlinehere\n<\/VirtualHost>/' "$i"; done
Provavelmente melhor (mas não testado) graças ao @ChrisDown:
find . -type f -print0 | while IFS= read -r -d '' filename;\
do sed -i 's/<\/VirtualHost>/yourlinehere\n<\/VirtualHost>/' $filename;\
done