Eu provavelmente definiria um alias com minhas opções, por exemplo:
alias grep="grep --ignore-case --color"
como isso afetaria apenas programas interativos e não scripts. Você poderia então executar \grep ou /bin/grep para executá-lo sem nenhuma opção.
Se você quiser continuar usando GREP_OPTIONS , basta desativá-lo para sua linha de comando, por exemplo,
GREP_OPTIONS= grep ....