Você só precisa escapar do ponto no comando sed
e tudo ficará bem.
Assim:
sed 's/\.$//'
Como no caso de você não escapar, .$
corresponderá a qualquer caractere no final da string.
Você também pode colocar todos os seus sed
+ grep
+ cut
em apenas um sed
:
sed 's=/[^/]*$==;s/\.$//' filename