Se você tem stty -ixon
na inicialização do seu shell, é bastante simples: quando tmux
cria novos terminais, ele executa o shell padrão do usuário por padrão e isso, por sua vez, desativa o fluxo de controle durante a inicialização. No entanto, quando você solicita ao tmux que execute um comando específico (ViM no seu caso), nenhuma inicialização ocorre e as configurações padrão do terminal (controle de fluxo ativado) se aplicam.
tmux new-session -s foo "stty -ixon; vim"
deve corrigir seu problema.