Praticamente não.
Note que o aplicativo de 64 e 32 bits não compartilha bibliotecas, portanto, a execução de uma instância do aplicativo de 32 bits pode causar o carregamento de muitas bibliotecas compartilhadas "novamente".
Há alguma desvantagem de desempenho (CPU, memória ou IO) ao executar um aplicativo de 32 bits em um Linux de 64 bits?
Minha principal preocupação é a utilização ineficiente de ponteiros e blocos de memória.
Você pode não sentir diferenças ...
O sistema operacional fará tudo por você. Apenas espaço de memória principal devido a bibliotecas duplicadas e outras funções e também alguns ciclos de CPU serão desperdiçados. Isso não afetará você até que você não seja um superusuário (significa que ele executa muitos programas simultaneamente)