Você deve ser capaz de usar qualquer um dos dois sistemas, mas se o seu sistema for baseado em UEFI, ele aceitará apenas o formato FAT32.
Verifique o Artigo da Wikipédia :
The UEFI specification explicitly requires support for FAT32 for EFI System partitions (ESPs), and FAT16 or FAT12 for removable media:specific implementations may support other file systems.