Se eu entendi bem a questão, você precisa de arquivos em myfiles que não possuam links simbólicos nas imagens:
#!/bin/bash
OIFS="$IFS"
IFS=$'\n'
files="$(find myfiles/ -type f -name '*.jpg' -or -name '*.cr2')"
for f in $files; do
list="$(find -L images/ -xtype l -samefile "$f")"
if [[ "$list" == "" ]]; then
echo "$f does not have symlink."
fi
done
IFS="$OIFS"
Existe uma ressalva com esta abordagem se você tiver o arquivo a.jpg no diretório myfiles / 1 e você tiver um link simbólico para esse arquivo no diretório images / 3 ou simplesmente em imagens / o arquivo não será reportado com o symlink ausente.