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AFAIR, .frm é arquivo de descrição (onde a estrutura da tabela de banco de dados é descrita), .MYD é um arquivo com dados, .MYI é um arquivo com índices.
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Sim, a cópia será muito mais rápida. Mas há um problema: não é atômico. Sob alta carga de arquivos copiados será inconsistente e talvez até mesmo corrompido. Especialmente se você estiver usando um mecanismo mais "inteligente" como o InnoDB.
Editar: p.s. Você pode copiar estes arquivos com segurança, mas antes você deve parar o servidor mysql.