Eu duvido que o LXDE vs o GNOME faça uma diferença significativa, mas eu não tenho números strongs. Eu duvido que a configuração padrão do LXDE e a configuração padrão do GNOME façam alguma diferença. Para manter o consumo de energia baixo, desative os efeitos da área de trabalho (animações, qualquer coisa em 3D).
Verifique se você não está executando nenhum tipo de "protetor de tela". A maioria dos protetores de tela são demonstrações de recursos avançados de vídeo; eles são enormes drenos de bateria. Deixe a tela em branco quando você não a estiver usando e verifique se a placa de vídeo não está atualizando para sempre alguma imagem em segundo plano.
Execute o PowerTOP para ter uma ideia do que está usando energia em seu sistema.