A principal diferença é que o Helm pode mostrar conclusões de várias origens (por exemplo, arquivos, buffers, marcadores etc., dependendo de como você o configura). Então você não precisa invocar comandos diferentes para abrir coisas diferentes, você pode acessá-los a partir de um comando comum.
Também ido não é muito bom para conclusões onde os itens possíveis são longos, porque o minibuffer não é muito adequado para mostrar itens mais longos.