Você pode usar o xautolock :
Xautolock monitors console activity under the X window system, and fires up a program of your choice if nothing happens during a user configurable period of time. You can use this to automatically start up a screen locker in case you tend to forget to do so manually before having a coffee break.
Algo ao longo das linhas de:
xautolock -time 10 -locker "gnome-screensaver-command --lock"
O único aplicativo que eu descobri que não respeita xautolock
é o VLC; mas o mplayer funciona bem com isso.