Acho que o estado da arte para a largura de banda máxima é o NX , um programa de compactação do protocolo X11. Deve funcionar bem em relação à latência também. Tente usar o cliente Windows NX e o servidor NX gratuito no Linux.
Se possível, use uma conexão TCP direta em vez de SSH. Claro, isso só é viável em um ambiente controlado sem preocupações de segurança.
Acho que na maioria das configurações, uma máquina virtual em execução localmente oferece a melhor latência. Melhor ainda, execute o Emacs e o Eclipse no Windows; faça-os editar arquivos remotos, ou (para resultados ainda melhores) fazê-los editar arquivos locais que você sincroniza com o Unison ou através de um sistema de controle de versão.