Verifique as permissões do diretório e as permissões de arquivo.
$HOME não pode ser gravado por grupo ou outro.
$HOME/.ssh precisa ter 700 de permissões, não legível, gravável ou executável por grupo e outros.
$HOME/.ssh/authorized_keys para não ser gravável ou executável por qualquer pessoa.
Se você achar que as permissões não são rigorosas o suficiente, tente descobrir o que causou o problema. A última vez que isso aconteceu comigo, eu tinha compilado o PHP do zero. A execução de make install como root (Slackware) alterou as permissões e a propriedade de / ou /home , como lembro, e impediu que o ssh trabalhasse com os arquivos authorized_keys e id_rsa.pub que estavam em vigor e funcionando há anos. Você quer determinar o que causou o problema, pois a propriedade do diretório e / ou permissão alterada pode acontecer por causa de uma instalação do rootkit ou algo parecido.