Infelizmente, não acredito que o OpenSSL possa fazer isso. O OpenSSL assume um certificado por arquivo para ações x509.
De acordo com este site , você precisa dividi-los em arquivos individuais. Ele até fornece um script perl que irá dividi-lo para você. Você pode então fazer um loop nos arquivos ou modificar o script perl para extrair o assunto diretamente.