Ativar o despertador em um barramento não equivale a fornecer potência total ao barramento durante a suspensão. Significa apenas que o sistema irá escutar o sinal de despertar nas linhas que correspondem a esse dispositivo. A energia em espera é fornecida pelo barramento apropriado, mas essa energia é muito menor que a potência total para operação normal. A adição de uma placa PCI / PCIe USB pode ou não permitir o despertar USB, mas definitivamente não fornecerá potência total às portas USB enquanto a máquina estiver no S3. Em vez disso, fornecerá apenas o suficiente para manter o chipset funcionando, cerca de 200mA @ 3.3V do que eu entendo de esta página da Intel sobre seus adaptadores de rede.
Eu acho que este é um recurso que será específico para uma placa-mãe e controlável apenas através do BIOS. Eu tenho uma placa-mãe Thinkpad e Gigabyte que permite alimentar dispositivos USB enquanto a máquina não está acordada, e em ambos os casos é uma configuração na BIOS, em vez de algo que você pode alterar enquanto o sistema é totalmente inicializado. Pensando nisso, pode haver uma maneira de o Thinkpad configurar isso durante a execução, mas os Thinkpads são conhecidos por ter extensões ACPI especiais para gerenciar as opções de energia. Independentemente disso, para ambos os sistemas é uma proposta de tudo ou nada - não há opção para configuração por porta ou por dispositivo. Tenho certeza de que o poder total do USB em suspensão é algo que não é padrão nos PCs e, como tal, não há uma maneira portátil de verificar se ele está disponível.
Embora seja um hardware extra, acho que a solução mais simples e universal é usar apenas um hub ativado.