make-kpkg está (sendo) aposentado, o modo oficial do Debian é make deb-pkg .
O oficial manual do kernel da Debian usa make deb-pkg .
make-kpkg está incluído em wheezy e jessie mas o stretch (atual estável) contém apenas para o powerpc .
O Powerpc não é mais suportado no buster (teste) e, sem surpresa, o único hit para nomes de arquivos contendo make-kpkg é um arquivo de informações de preenchimento automático para zsh .
Isso indicaria claramente qual de ambas é a opção preferida do Debian.
(Entretanto, se você está testando o que funciona ou não, recompilando muito, você pode querer remover o "make clean" do scripts/packages/Makefile como um primeiro passo. Afinal, até mesmo o make-kpkg tem como objetivo criar um pacote Debian de uma fonte e configuração do kernel em funcionamento, não uma programação e depuração do kernel.)