Os drivers da Gemalto agora são de código aberto, acredito. Eles têm o código-fonte em seu site.
Você precisará configurar o módulo pam (não sei como fazer isso, mas o código certamente está lá). Eu imagino que a configuração pam exigiria um mapeamento de um princípio de certificado para um ID de usuário local.
Eu acredito que o GDM suporta cartões inteligentes agora, mas não sei como ele é detectado. Eu tentarei pesquisar isso mais tarde (a maneira mais fácil é provavelmente dar uma olhada no código-fonte gdm ).
É claro que tudo isso requer que pcscd e libpcsclite sejam instalados. Você também precisará copiar o libgtop11dotnet.so para /usr/lib .