Você pode verificar se um arquivo está fragmentado ou não está usando o utilitário filefrag .
Dessa forma, você pode filtrar os arquivos que não estão fragmentados e copiar / copiar apenas para arquivos já fragmentados. Isso deve poupar algum tempo. No entanto, esteja ciente de que não há garantia de que o novo layout do arquivo será melhor que o antigo.
A melhor maneira é ignorar completamente a fragmentação de arquivos. Especialmente em um stick USB, dificilmente importa, apenas desperdiça ciclos de gravação e, ao contrário dos HDDs, não há partes móveis e, portanto, não é uma penalidade muito grande devido à fragmentação.
A desfragmentação só deve ser necessária se algo engraçado acontecer que faça com que os arquivos se fragmentem de uma forma muito extrema. Por exemplo, clientes de torrent que baixam o conteúdo do arquivo em ordem aleatória sem pré-alocação. Mas, a menos que o FAT tenha dado suporte a arquivos esparsos em algum momento, isso não é um problema, já que a pré-alocação é obrigatória em um FS.