Eu não acho que você precise se preocupar com dataloss. Geli no FreeBSD é maduro e na minha experiência tem sido à prova de balas. Geli primeiro, depois ZFS no topo . Você pode então usar zpool para construir pools em qualquer configuração que desejar - single drive, espelhos, RAID-Z, qualquer coisa.
Minha própria experiência:
Eu tenho um servidor home do FreeBSD 9 com uma configuração similar - duas unidades, uma zpool em cada. É uma configuração ZFS-on-root - sem UFS. Uma unidade é o sistema, a outra é dados. A unidade de dados tem criptografia de disco completo, a unidade do sistema não (embora eu acredite que não há motivo para isso não ser possível - eu só queria evitar a complicação adicional).
Eu usei geli para criptografar a unidade de dados nua. O ZFS (estritamente, zpool) vê isso como qualquer outro dispositivo de bloco e você simplesmente chama "zpool create ..." da maneira normal, e a partir daí você cria conjuntos de dados zfs no conjunto da maneira que quiser.
O desempenho não tem sido um problema no meu caso de uso. O meu está funcionando perfeitamente bem em um Atom D520 de 4GB. Provavelmente não muito rápido (os discos são apenas 5200rpm de 2,5 ", para baixo consumo de energia / ruído), mas bom para a rede doméstica.
Esta configuração está funcionando sem problemas há alguns anos.