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Eu não tenho uma sugestão fácil (como um switch iotop), mas se isso for importante para você, você pode escrever um módulo FUSE que apenas remodifica os sistemas de arquivos em outro lugar (chroot para o processo a ser examinado) e conta o valor de dados lidos / escritos. Essa deve ser uma adaptação bastante fácil dos módulos existentes. Você pode perguntar à comunidade do FUSE qual pode ser a melhor solução existente para começar. Provavelmente até o módulo de demonstração deles fará.