Acho que você está procurando algo assim:
openssl yourcipher -d < yourfile
Por exemplo, se o arquivo foi criptografado usando des3
cipher e o arquivo é /path/to/file.des3
, então:
openssl des3 -d < /path/to/file.des3
Ele pedirá a senha.
Se o arquivo for codificado em base64, você poderá decodificar e descriptografar assim:
openssl enc -base64 -d < /path/to/file | openssl yourcipher -d