Eu tive o mesmo problema. O que é importante perceber é que existem duas versões principais do GnuPG ('classic 'e' stable ', e também há um'% 'moderno2.1): gpg e gpg2 (no Fedora Core eles são fornecidos pelos pacotes gnupg e gnupg2 respectivamente).
Pesquisei na Internet sobre trustdb extensivamente, removi ~/.gnupg , mas encontrei muito pouca informação e isso não ajudou.
Já que no meu repositório OS havia uma versão antiga de gpg , eu baixei um 'moderno' gpg do site oficial. Houve um problema com libgrypt , precisei instalar uma nova versão de biblioteca para que gpg funcionasse. Quando eu fiz isso manualmente, meu sistema se recusou a inicializar. Acho que vou corrigir isso em breve, mas agora eu trabalho em outro laptop.
Por fim, percebi que havia um pacote gnupg2 e usei o comando gpg2 em vez de gpg . Isso funcionou perfeitamente.
Você pode definir um bash alias gpg=gpg2 no seu .bash_profile se quiser esquecer os números.