Sim, tudo é possível via software. Você teria que modificar provavelmente algumas partes significativas do kernel para fazer isso. Se você está falando agora ... não. Na verdade, você não pode alocar espaço de troca do sistema com base em um determinado usuário.
Outra maneira de abordar não é alocar espaço de troca em uma partição física e criar um grande arquivo pré-alocado para um volume TrueCrypt, montá-lo e criar um arquivo de swap abaixo dele. Em seguida, defina o sistema para usar esse arquivo no volume TrueCrypt como um arquivo de permuta. Eu não garanto a estabilidade nem a eficiência de processamento de tal movimento, no entanto, isso seria para você experimentar. No entanto, isso seria por sistema não por usuário.