Você não pode, mas tente o Synaptic
A maioria dos aplicativos do KDE estão nos repositórios oficiais e não em um PPA, portanto não há como impedi-los de serem exibidos quando você navega / pesquisa no Centro de Software.
Como alternativa, tente instalar o Gerenciador de Pacotes Synaptic, e veja as listagens nas seções "Ambiente de Trabalho Gnome" para uma seleção de aplicativos "nativos":