Você pode modificar suas configurações de notificação no Empathy e no Kopete.
Por empatia, Goto
Edit -> Preferences -> Notifications -> Checkbox for Enable bubble notifications
Para desativar as notificações de som
Edit -> Preferences -> Sounds -> Checkbox for Enable sound notifications
Para o Kopete, o Goto
Settings -> Configure Notifications
Aqui você pode configurar suas configurações de notificação para um nível muito granular