O Memdisk (é o que você está usando, certo?) funciona substituindo o driver de disco do BIOS pelo seu próprio código, que altera a cópia na memória, em vez de ir para o disco. O gerenciador de inicialização (Syslinux, Grub ou qualquer outro que você esteja usando) faz o trabalho de carregar a imagem do disco e não fica na memória depois que o Memdisk é iniciado.
Para recuperar as alterações no disco, você precisará adicionar suporte a disco e sistema de arquivos ao Memdisk. Isso não é impossível em princípio, mas é um esforço significativo de desenvolvimento, e não tenho conhecimento de ninguém que trabalhe nele.
O que você pode fazer é criar uma pequena partição FAT em seu disco, copiar sua imagem de disco nela antes de reinicializar e copiar a imagem do disco novamente se quiser persistir.