No meu entendimento, tar --exclude='._*' -cvf newTar . deve funcionar: o Finder cria os arquivos ._* , mas newTar não deve contê-los.
Mas você pode ignorar completamente esses arquivos invocando o tar no modo de passagem. Por exemplo, para copiar apenas os arquivos de oldTar que estão em some/path , use
tar -cf newTar --include='some/path/*' @oldTar