Eu não acho que você precise de uma seção END
:
awk '
NR == FNR {for (i=1; i<=NF; i++) F[i,NR] = $i
next
}
{T = 0
for (i=1; i<=NF; i++) T += ($i=="fail")?F[i,FNR]:0
print T
}
' file[12]
100
78
53
91