É um trabalho para paste
:
paste -d'\n' f1.txt f2.txt
Exemplo:
$ cat foo.txt
some text line 1
some text line 2
some text line 3
$ cat bar.txt
A1
A2
A3
$ paste -d'\n' foo.txt bar.txt
some text line 1
A1
some text line 2
A2
some text line 3
A3