com sed
:
sed -e 's/\s\+/,/g' orig.txt > modified.txt
Ou com perl
:
perl -pne 's/\s+/,/g' < orig.txt > modified.txt
Editar: Para excluir novas linhas no perl você pode usar um% negativo duplo's/[^\S\n]+/,/g'
ou corresponder apenas aos caracteres de espaço em branco de sua escolha 's/[ \t\r\f]+/,/g'
.