Como Faheem aponta em um comentário, você pode mudar a localização da pasta de correio padrão em seu % arquivomuttrc (geralmente localizado em /etc/Muttrc para configurações de todo o sistema ou ~/.muttrc para configurações locais). Por exemplo:
set folder = "~/.mail"
mas você ainda precisa criar a pasta, caso contrário o mutt continuará incomodando você.