Por que não usar rsync ? É feito para o trabalho!
rsync -uan --progress --exclude=".*" <source> <destination>
Os itens acima listarão todos os arquivos a serem arquivados sem copiar nada. Verifique se a lista está correta e, em seguida, execute-a novamente com a opção n removida para copiar os arquivos (você também pode remover o --progress para uma experiência mais silenciosa).
Para expandir, as opções acima são: -
u - 'update' - copie apenas arquivos mais recentes.
a - 'arquivamento'
n - 'dry-run' - não copie, apenas liste o que ele faria.
--progress - mostra o progresso da cópia
--exclude=".*" - exclui arquivos que começam com um ponto