^F
é vim dizendo que há um caracter não imprimível 0x06 (F é a sexta letra do alfabeto, eles variam: '^ @', '^ A', '^ B' ... ' ^ Y ',' ^ Z '.' ^ [',' ^ \ ',' ^] ',' ^^ ',' ^ _ ')
Eu não tive nenhum problema em removê-lo graficamente no vim, nano, joe… mas se você preferir uma abordagem de linha de comando, sabendo que é o caractere 0x06, você pode usar sed -i 's/\x06//g' filename
para removê-lo.
PS: Eu tenho medo que a solução polym de remover ^ F em cat -v
só funcione se o seu arquivo não tiver nenhum outro caractere não imprimível, que seria mutilado.