Atualização de 2018 a 15 de abril
A partir do Linux Mint 18, houve uma mudança para o gerenciador de exibição do LightDM, que você pode reiniciar da seguinte forma:
sudo service lightdm restart
Original
A execução de reboot
é uma maneira perfeitamente segura de fazer isso. Se você quer apenas sair (reiniciar sua sessão GUI), você pode executar:
sudo service mdm restart
Isso reiniciará o Mint Display Manager, o gerenciador de exibição padrão em Mint.