Você pode usar rm para remover a pasta em seu disco rígido externo.
O comando completo do Terminal se parece com isso
rm -r /Volumes/$drivename/$folder
Substitua $drivename pelo nome do seu disco rígido externo.
Substitua $folder pelo nome da sua pasta.
Se você não sabe o nome do seu disco rígido externo, pode consultá-lo com
ls /Volumes