Com o GNU sed:
sed -i -e 's/^/ /' <file>
irá substituir o início de cada linha com 5 espaços. O -i modifica o arquivo no lugar, -e fornece algum código para sed executar. s informa sed para fazer uma substituição, ^ corresponde ao início da linha, então a parte entre os segundos dois caracteres / é o que irá substituir a parte correspondida no começo, isto é, o início da linha neste exemplo.