Parece que encontrei a resposta para o início do tópico, também tive que experimentar sozinho.
De acordo com os blogs do kernel, há um comportamento estranho, usando o vfat com a opção "x-gvfs-show". Agora pode ser resolvido removendo esta opção para partição vfat.
A opção é usada somente para mostrar o atalho do dispositivo no Gnome e no Unity, então este é montado em um local diferente do que "/ media". Portanto, existe uma maneira de configurar o vfat para ser montado em "/ media" e remover a opção "x-gvfs-show" das opções de montagem (pode ser feito facilmente através do utilitário Disks). Funciona muito bem para mim.