Enquanto a resposta de wurtel responde à pergunta como formulada, considerando o contexto da pergunta revela-se que esta é mais uma caso de um problema XY .
Neste caso em particular, /usr/share/applications/icedove.desktop não deve ser modificado em primeiro lugar, mas um arquivo de configuração local que substitua a configuração padrão deve ser colocado em um local adequado. Sistemas que são compatíveis com o freedesktop.org estão em conformidade com a Especificação do Diretório Base do XDG , a finalidade dos quais é precisamente eliminar a necessidade de modificar arquivos de configurações que são sobrescritos durante atualizações de pacotes.
Se a configuração se destina a todo o sistema, o icedove.desktop local deve ser colocado no subdiretório applications de um caminho de pesquisa anterior a /usr/share in $XDG_DATA_DIRS . O valor dessa variável de ambiente é padronizado como /usr/local/share/:/usr/share/ , mas o valor real varia entre distribuições. Como neste caso a configuração se destina a ser local, o local correto é /usr/local/share/applications/icedove.desktop , embora tenha em mente que eles podem ser substituições específicas de distribuição que podem ter preferência sobre as configurações em usr/local/share .
Por outro lado, se a configuração for indentada para ser específica do usuário, o icedove.desktop local deve ser colocado em applications no local indicado por $XDG_DATA_HOME . Geralmente, isso é padronizado como $HOME/.local/share , ou seja, o local do arquivo de configuração deve ser $HOME/.local/share/applications/icedove.desktop .