Acho que eles desativaram esse recurso. Mas você pode compilar o keepassx do código fonte, que consertou para mim.
Remova o keepassx via centro de software, apt ou o que você gosta. Vá para www.keepassx.org e faça o download do código fonte. Extraia os arquivos e mude para o diretório. Abra um terminal. Tipo:
qmake-qt4
make
sudo make install
Você precisa das bibliotecas qt4 para isso. Certifique-se de ter os seguintes pacotes instalados:
sudo apt-get install libqt4-core libqt4-dev libxtst-dev
Agora você pode usar o ícone da bandeja novamente.