blkid (8) é provavelmente o que você está procurando. Isso dará o UUID de cada dispositivo.
Para o vfat, pode definir o UUID usando o aplicativo mabel do mtools (1).
Para ext2, ext3 e ext4, e2label (8) pode ser usado para definir o UUID.
Portanto, se você reformatar de vez em quando, basta definir o UUID como antes, se necessário.
Não posso falar por outros leitores de cartão, mas os que usei através de uma porta USB passam pelo UUID do cartão SD.