Você pode usar as outras ferramentas do bzip2:
bzcat foo.tbz2 > /another/directory/foo.tar
bzip2 -ckd foo.tbz2 > /another/directory/foo.tar
Note que se você quiser descompactá-lo para outro diretório, você pode usar a opção -C para tar
:
tar xjf foo.tbz2 -C /another/directory