A posição do Debian é que, além de certos componentes críticos do sistema que são considerados necessários¹, não há software preferido. Se dois programas fornecem funcionalidade semelhante, e ambos são adequados para o Debian ², e existe um desenvolvedor Debian disposto a manter cada pacote, então ambos os programas acabarão no Debian. A ideia é que cabe ao usuário escolher qual programa usar.
Em um determinado sistema, no máximo uma implementação Java pode ser /usr/bin/java . Isto é decidido através do mecanismo de alternativas : cada implementação de Java tem uma prioridade (decidida por acordo comum entre os mantenedores dos pacotes Debian envolvidos), e a implementação que estiver instalada em um determinado sistema tem a mais alta prioridade é /usr/bin/java . O administrador do sistema pode substituir isso alterando manualmente o link simbólico /etc/alternatives/java . E se houver várias JVMs instaladas, os usuários poderão escolher, caso a caso, executar /usr/lib/jvm/java-6-openjdk/jre/bin/java , /usr/lib/jvm/java-6-sun/jre/bin/java , etc.
Ou pelo menos strongmente recomendado.
²
O requisito mais conhecido é que o programa deve ser software livre , com algumas exceções ( non-free ); outra é que não deve ser muito buggy.