Isso é feito pelo pacote xdg-user-dirs-update
1 .
O arquivo /usr/bin/xdg-user-dirs-update
é executado no logon e cria os arquivos com base nos padrões em /etc/xdg/user-dirs.defaults
, ou se existir $HOME/.config/user-dirs.dirs
.
Se você quiser desabilitá-lo, a configuração está em /etc/xdg/user-dirs.conf
ou desinstale o pacote, se as dependências permitirem.
1: O nome do pacote acima é para o Ubuntu. No Fedora e no Arch é xdg-user-dirs
.