crontab -e abre um arquivo em / tmp em vez do crontab real para que ele possa verificar erros no seu novo crontab e impedir que você sobrescreva seu crontab real com esses erros. Se não houver erros, seu crontab real será atualizado. Se crontab -e apenas escreveu diretamente para o seu crontab, então você arriscaria que todos os seus cronjobs não fossem executados devido a um erro de sintaxe em seu novo crontab.
sudoedit , visudo , vipw , etc. operam no mesmo princípio.
Não se preocupe, seu crontab real mora em um local não volátil no disco.