/usr/bin : contém programas executáveis que fazem parte do sistema operacional e são instalados pelo gerenciador de pacotes
/usr/local/bin : local padrão para programas executáveis que não fazem parte do sistema operacional e são instalados lá pelo administrador local, geralmente após construí-los a partir da origem com a sequência configure;make;make install . O objetivo não é quebrar o sistema sobrescrevendo um programa funcional por um disfuncional ou com um comportamento diferente.
Quando o mesmo programa existe em ambos os diretórios, você pode selecionar quais serão chamados por padrão, reorganizando a ordem dos diretórios em seu PATH .