A criação de um script em /etc/pm/sleep.d/ para executar o comando deve funcionar.
gksudo gedit /etc/pm/sleep.d/99_backlight
copie / cole o seguinte:
#!/bin/sh
# run 'setpci -s 00:02.0 F4.B=00' when waking up
case "" in
thaw|resume)
setpci -s 00:02.0 F4.B=00
;;
esac
salve e saia, então torne-o executável com
sudo chmod +x /etc/pm/sleep.d/99_backlight