Eu tenho o mesmo problema! Acabei de instalar o Ubuntu 12.04 em um velho Acer Travelmate com gráficos da Nvidia e o mesmo problema.
Depois de ler o que você disse sobre o Nautilus, tentei carregar alguns gerenciadores de janelas diferentes. Siga este link para descobrir como:
(Tentei Gnome, Unity 2D, e lxde - todos jogaram o papel de parede para cima, então ficou branco como o seu).
No entanto, o xfce funcionou! Acho que fiz isso:
sudo apt-get install xfce4
O Xfce consertou e funciona bem!
Eu realmente gosto da maneira como o xfce é organizado - leva meia hora para entender, mas vale a pena.
Veja: link
Diferentes janelas sendo executadas em cada monitor, podem definir independentemente os planos de fundo em cada monitor! :-) Cada um tem seu próprio espaço de trabalho também. Fantástico!